Сегодня натолкнулся на странный эффект - настраивал FastCGI сервер, который ругался на "No input file specified" - это аналог 404-й ошибки, но в интерпритации php. Оказывается, php берёт переменную Document_Root от веб-сервера. В моём случае это было /usr/share/nginx/html (nginx взят из репозитория...